داستان Ground Zeroes در سال ۱۹۷۵ میلادی، چند ماه پس از اتفاقات Peace Walker رخ می دهد. در این قسمت نیز شاهد بازگشت Big Boss (اسنیک) به عنوان قهرمان اصلی بازی خواهیم بود. اولین ماموریت وی این است که با همکاری ارتش بدون مرز وارد یک کمپ آمریکایی که منطقه‌ای ممنوعه از خاک کشور کوبا؛ شود. این کمپ Omega نام دارد. یکی از ماموریت‌های اسنیک در این کمپ یافتن جاسوس Cipherها، Paz Ortega می‌باشد که با وی در طی جریانات Peace Walker آشنا شده بودیم. یکی دیگر از ماموریت‌های وی نجات Chico Libre، پسربچه ای که در Peace Walker دستگیر شد و علی‌رغم تلاشش برای نجات یافتن، دست به جایی نبرد. زمانی که اسنیک در حال انجام این ماموریت است، پایگاه اصلی ارتش بدون مرز مورد حمله‌ی گروهی مخفی با اسم رمز XOF به رهبری فردی با نام Skull Face قرار می‌گیرد. اتفاقاتی که در طی این ماموریت رخ می‌دهد دلیل اصلی تغییر رفتار و شخصیت اسنیک در نسخه‌ی بعدی The Phantom Pain خواهد بود.

XOF چه کسانی هستند؟ به نظر می‌رسد که گروه XOF، یکی از گروهک‌های ارتش آمریکاست ولی دشمنی اصلی آنها با سربازان بدون مرز  و گروهک Fox می‌باشد.در تریلری که از بازی منتشر شد شاهد بودیم که، Skull Face، رهبر گروه XOF تمام جزئیات مربوط به حضورش را در Camp Omega از بین می‌برد؛ اینطور برداشت می شود که این فرد در ابتدای داستان بر مخفی بودن گروهش پافشاری می‌کند. همچنین عبارت From Fox two Phantoms were born که شعار این عنوان نیز می‌باشد، می تواند اشاره‌ای به رهبران دو گروه Fox و Xof یعنی بیگ‌باس و Skull Face باشد.

گیم پلی درست مانند نسخه‌ی Peace Walker، این عنوان نیز با ارائه‌ی یک پایگاه اصلی برای ارتش بدون مرز، به بازیباز این اجازه را می‌دهد تا اسلحه های جدید تولید کرده و تجهیزات جدیدی را بسازند. مطمئنا کسانی که نسخه Peace Walker را تجربه کرده‌اند با این قابلیت آشنا هستند. همچنین این بازی به بازیباز‌ها این امکان را می‌دهد تا توسط گوشی‌ها و تبلت‌های هوشمند خود به این پایگاه متصل شدهو در طول بازی آن را کنترل کنند. کارگردان افسانه‌ای این سری، استاد Hideo Kojima قول یک سیستم جدید تغییر شب و روز را به طرفداران داده است. همچنین با توجه به انتخاب شما  در چگونگی نقل‌مکان از یک نقطه‌ای به نقطه‌ی دیگر، ساعات شبانه روز در مقصد متفاوت خواهد بود. یعنی مطمئنا حرکت با یک اتومبیل و یا هلیکوپتر در ماموریت‌هایی که عجله دارید تا به نقطه‌ی دیگری برسید معقولانه‌تر به نظر می‌رسد و این مسئله می تواند چالش‌های بزرگی را با توجه به تاکید بازی بر روی مخفی-کاری به همراه داشته باشد. یکی دیگر از نو‌آوری‌های این نسخه، تاثیر تصمیم بازیباز‌ها در روند داستان بازی است. انتخاب شخص در ترتیب انجام ماموریت‌ها در داستان تاثیر می گذارد اما با این همه، تمام بازیباز‌ها پیام پایانی بازی را متوجه خواهند شد.جزئیات چهره‌ها، نورپردازی، باران همه و همه به لطف قدرت Fox Engine در این عنوان غوقا می‌کنند! کوجیما درباره‌ی Metal Gear‌های قبلی چنین می گوید: “نسخه‌های قبلی بازیباز را مجبور می کردند تا در یک مسیر مستقیم داستانی از نقطه‌ی A به نقطه‌ی B بروند، و در این میان مقدار مشخصی از آزادی عمل وجود داشت.” اما در نسخه‌ی جدید تیم Kojima تصمیم‌گیری را به طور کامل بر عهده‌ی بازیباز گذاشته‌اند تا بازیباز خود تصمیم بگیرد چگونه ماموریت را به انجام برساند. این مسئله به کوجیما بیش از پیش کمک می کند تا “تجربه‌ی یک بازی جهان-باز واقعی” را، طبق گفته‌ی خودش؛ برای بازیبازان به ارمغان بیاورد.

در بازی، بیگ‌باس یک عدد دوربین به همراه خواهد داشت که با استفاده از آن قادر خواهد بود، دشمنان را علامت‌گذاری کرده و شناخت بهتری نسبت به محیط  عملیات پیدا کند، نقاط ضعف و قوت آن را شناسایی کرده و هرطور که دوست دارد وارد محیط شود. این دوربین، به گفته‌ی کوجیما بخش اعظمی از بازی را در بر خواهد گرفت. همچنین بازیباز می تواند با فشردن کلیدی، موقعیت دشمنان را روی نقشه ثبت کند. این قابلیت نه تنها به بازیباز کمک می‌کند حرکت دشمنان را لحظه به لحظه زیر نظر بگیرد بلکه، به آنها در طرح‌ریزی برنامه‌ای برای رسیدن به هدف موجود در‌آن محیط کمک به سزایی خواهد نمود.

همچنین طی تریلری که از بازی منتشر شد، بخش جذاب اعتراف‌گیری نیز همچنان به حضور خود در این قسمت ادامه خواهد داد. در تریلر دیده شد که بیگ‌باس به یک برج دیده‌بانی رسیده و از آن بالا می‌رود و سپس نگهبان را به پایین پرتاب کرده، پروژکتور موجود در برج را به طرف دو تن از سربازان دیگر انداخته آنها را از مسیرشان منحرف می‌کند. سپس به دنبال یکی از آنها رفته و در تاریکی چاقوی خود را بر روی گلوی وی گذاشته از وی سوالی می پرسد. سرباز نیز سریعا مکان هدف مورد نظر را لو داده و بلافاصله توسط بیگ‌باس به وسیله‌ی چاقویی که در سینه‌اش فرو می‌رود کشته می‌شود. حرکتی بسیار خشن و بی‌رحمانه!

در قسمتی از همین تریلر، قابلیت جدیدی از گیمپلی به نمایش در‌آمد. یکی از سربازان متوجه حضور بیگ‌باس در محیط می‌شود. مثل همیشه علامت تعجب قرمز رنگ به همراه صدای مخصوصش، که جزئی از ریشه و پایه‌ی این بازی می‌باشند، بالای سر شخص ظاهر شده و وی بلافاصله اقدام به درخواست نیروی کمکی می کند. اما در همین لحظه صحنه آهسته شده و به بازیباز این اجازه را می دهد تا سرباز را قبل از اینکه به بیسیمش دست بزند، به قتل برساند. این قابلیت شباهت زیادی به قابلیت Breach درب‌ها در سری Call of Duty دارد.